1．搬动显微镜时，要一手握镜臂，一手扶镜座，两上臂紧靠胸壁。切勿一手斜提，前后摆动，以防镜头或其他零件跌落。
2．观察标本时，显微镜离实验台边缘应保持一定距离(5cm)，以免显微镜翻倒落地。镜柱与镜臂间的倾斜角度不得超过45度，用完立即还原。
3．使用时要严格按步骤操作，熟悉显微镜各部件性能，掌握粗、细调节钮的转动方向与镜筒升降关系。转动粗调节钮向下时，眼睛必须注视物镜头。
4．观察带有液体的临时标本时要加盖片，不能使用倾斜载物台，以免液体污染镜头和显微镜。
5．粗、细调节钮要配合使用，细调节钮不能单方向过度旋转，调节焦距时，要从侧面注视镜筒下降，以免压坏标本和镜头。
6．使用高倍镜时不先用低倍镜而直接用高倍镜调节焦距高倍镜头的视野小且比较暗，又不易寻找目标，调焦相对也比较困难。所以，正确使用高倍镜的操作是：先用低倍镜找到要观察的物像，然后把物像移至视野中央，再换用高倍镜，然后调节细准焦螺旋对焦，调清物像，同时应调节光圈以增加通光量。
7．转换镜头时直接推镜头经常这样做会使光轴发生偏离甚至螺丝松动，影响成像。应转动转换器
8．用单筒显微镜观察标本，应双眼同时睁开，左眼观察物像，右眼用以绘图，左手调节焦距，右手移动标本或绘图。
9．禁止随意拧开或调换目镜、物镜和聚光器等零件。
10．显微镜光学部件有污垢，可用擦镜纸或绸布擦净，切勿用手指、粗纸或手帕去擦，以防损坏镜面。
11．凡有腐蚀性和挥发性的化学试剂和药品，如碘、乙醇溶液、酸类、碱类等都不可与显微镜接触，如不慎污染时，应立即擦干净。不要任意取下目镜，谨防灰尘落入镜筒。
12．使用油镜观察样品后，随即用二甲苯将油镜镜头和载波片擦净，以防其他的物镜玻璃上沾上香柏油。二甲苯有毒，使用后马上洗手。
13．实验完毕，要将玻片取出，用擦镜纸将镜头擦拭干净后移开，不能与通光孔相对。将光源亮度调至最暗，载物台降到最低点，用绸布包好，放回镜箱。切不可把显微镜放在直射光线下曝晒。
